Trường tiểu học Nguyễn Du được thành lập trên cơ sở tách ra từ trường PTCS Nguyễn Du theo quyết định số 897 QĐ/UB ngày 28 tháng 8 năm 1990. Năm 2014, trường được Quận ủy – HĐND - UBND quận Hoàn Kiếm quan tâm, mở rộng khuôn viên tại địa điểm 11-13 Hàng Tre với  kinh phí đầu tư khoảng 100 tỉ đồng, trường xây dựng mới khang trang, hiện đại đáp ứng tốt cho việc dạy và học theo xu hướng phát triển hiện đại hóa.